# ------------------------------------------------------------------
# PeptideShaker 1.16.27 Report File
#
# Originally saved by: RCB @ DESKTOP-JET1DD4
#                  on: 16 Jul 2018, 13:49
# ------------------------------------------------------------------


Mon Jul 16 13:45:45 IST 2018        Import process for iicb_ in gel (Sample: set3, Replicate: 0)

Mon Jul 16 13:45:45 IST 2018        Importing sequences from AAAA_uniprot-mouse-reviewed_120718_concatenated_target_decoy.fasta.
Mon Jul 16 13:46:17 IST 2018        FASTA file import completed.
Mon Jul 16 13:46:17 IST 2018        Importing gene mappings.
Mon Jul 16 13:46:22 IST 2018            Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:26 IST 2018            Downloading GO and gene mappings for species Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c).
Mon Jul 16 13:46:26 IST 2018            Update of gene information for species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)) failed. A previous version will be used if available.
Mon Jul 16 13:46:26 IST 2018            Gene mapping for Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)) not available. Gene information for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:30 IST 2018            Southeastern Asian house mouse (Mus musculus castaneus) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:42 IST 2018            Green monkey (Chlorocebus aethiops) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:55 IST 2018            Western Mediterranean mouse (Mus spretus) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:57 IST 2018            Rhesus macaque (Macaca mulatta) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:46:58 IST 2018            Western clawed frog (Xenopus tropicalis) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:07 IST 2018            Japanese house mouse (Mus musculus molossinus) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:10 IST 2018            Spotted green pufferfish (Tetraodon nigroviridis) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:10 IST 2018            Japanese pufferfish (Takifugu rubripes) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:12 IST 2018            Southwestern Asian house mouse (Mus musculus bactrianus) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:23 IST 2018            Pneumocystis carinii not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:47:53 IST 2018            Horse (Equus caballus) not available in Ensembl. Gene and GO annotation for this species will not be available.
Mon Jul 16 13:48:02 IST 2018        Establishing local database connection.
Mon Jul 16 13:48:07 IST 2018        Reading identification files.
Mon Jul 16 13:48:07 IST 2018        Parsing G_IIC_1.1.res.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_1.1.res.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Importing G_IIC_1.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        G_IIC_1.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_1.1.res
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        3 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        4834 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018            - 98.6% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018            - 1.2% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:08 IST 2018        Parsing G_IIC_1.res.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_1.res.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Importing G_IIC_1.mgf
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        G_IIC_1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_1.res
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        4 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        4724 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018            - 98.6% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018            - 1.3% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Parsing G_IIC_10.1.res.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_10.1.res.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Importing G_IIC_10.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        G_IIC_10.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:09 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_10.1.res
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        1 identified spectra (0.0%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        4996 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018            - 99.4% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Parsing G_IIC_10.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_10.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing G_IIC_10.mgf
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        G_IIC_10.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_10.res
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        2 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        4771 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Parsing G_IIC_11.1.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_11.1.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing G_IIC_11.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        G_IIC_11.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_11.1.res
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        2 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        3566 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018            - 99.6% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Parsing G_IIC_11.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_11.res.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing G_IIC_11.mgf
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        G_IIC_11.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:10 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_11.res
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        1 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        3527 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Parsing G_IIC_12.1.res.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_12.1.res.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Importing G_IIC_12.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        G_IIC_12.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_12.1.res
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        1 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        3368 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018            - 99.0% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Parsing G_IIC_12.res.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_12.res.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Importing G_IIC_12.mgf
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        G_IIC_12.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_12.res
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        2 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        3166 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018            - 99.2% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Parsing G_IIC_2.1.res.
Mon Jul 16 13:48:11 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_2.1.res.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing G_IIC_2.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        G_IIC_2.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_2.1.res
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        3 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        5068 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Parsing G_IIC_2.res.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_2.res.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing G_IIC_2.mgf
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        G_IIC_2.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_2.res
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        2 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        5030 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Parsing G_IIC_3.1.res.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_3.1.res.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing G_IIC_3.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        G_IIC_3.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:12 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_3.1.res
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        1 identified spectra (0.0%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        5403 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018            - 99.1% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Parsing G_IIC_3.res.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_3.res.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Importing G_IIC_3.mgf
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        G_IIC_3.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_3.res
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        4 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        5477 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018            - 98.9% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018            - 1.0% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Parsing G_IIC_4.1.res.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_4.1.res.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Importing G_IIC_4.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        G_IIC_4.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:13 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_4.1.res
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        1 identified spectra (0.0%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        4793 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018            - 98.6% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018            - 1.2% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Parsing G_IIC_4.res.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_4.res.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Importing G_IIC_4.mgf
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        G_IIC_4.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_4.res
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Parsing G_IIC_5.1.res.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_5.1.res.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Importing G_IIC_5.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        G_IIC_5.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:14 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_5.1.res
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        3 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        5128 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Parsing G_IIC_5.res.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_5.res.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Importing G_IIC_5.mgf
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        G_IIC_5.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_5.res
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        1 identified spectra (0.0%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        5274 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018            - 99.3% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Parsing G_IIC_6.1.res.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_6.1.res.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Importing G_IIC_6.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        G_IIC_6.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_6.1.res
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        6 identified spectra (0.2%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        4206 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018            - 97.6% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018            - 2.4% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:15 IST 2018        Parsing G_IIC_6.res.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_6.res.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Importing G_IIC_6.mgf
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        G_IIC_6.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_6.res
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        4 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        4153 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018            - 97.7% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018            - 2.2% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Parsing G_IIC_7.1.res.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_7.1.res.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Importing G_IIC_7.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        G_IIC_7.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:16 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_7.1.res
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        3 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        5180 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018            - 98.9% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018            - 1.0% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Parsing G_IIC_7.res.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_7.res.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Importing G_IIC_7.mgf
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        G_IIC_7.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_7.res
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        4 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        5134 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018            - 98.8% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018            - 1.2% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Parsing G_IIC_8.1.res.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_8.1.res.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Importing G_IIC_8.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        G_IIC_8.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:17 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_8.1.res
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        4 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        3346 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018            - 97.7% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018            - 2.3% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Parsing G_IIC_8.res.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_8.res.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Importing G_IIC_8.mgf
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        G_IIC_8.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_8.res
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        5 identified spectra (0.2%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        2959 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018            - 98.5% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018            - 1.4% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Parsing G_IIC_9.1.res.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_9.1.res.
Mon Jul 16 13:48:18 IST 2018        Importing G_IIC_9.1.mgf
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        G_IIC_9.1.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_9.1.res
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        6 identified spectra (0.2%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        4997 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018            - 98.9% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018            - 1.0% peptide presenting high mass or isotopic deviation.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Parsing G_IIC_9.res.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Loading spectra for G_IIC_9.res.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Importing G_IIC_9.mgf
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        G_IIC_9.mgf imported.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Collecting peptides to map.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Mapping peptides to proteins.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Importing PSMs from G_IIC_9.res
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        3 identified spectra (0.1%) did not present a valid peptide.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        5214 of the best scoring peptides were excluded by the import filters:
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018            - 99.0% peptide length less than 8 or greater than 30.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        File import completed. 66992 first hits imported (772688 secondary) from 68054 spectra.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        [63290 first hits passed the initial filtering]
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Computing assumptions probabilities.
Mon Jul 16 13:48:19 IST 2018        Saving assumptions probabilities.
Mon Jul 16 13:48:23 IST 2018        Selecting best peptide per spectrum.
Mon Jul 16 13:48:28 IST 2018        Computing PSM probabilities.
Mon Jul 16 13:48:28 IST 2018        Scoring PTMs in PSMs (D-score and PhosphoRS)
Mon Jul 16 13:48:28 IST 2018        Resolving peptide inference issues.
Mon Jul 16 13:48:28 IST 2018        Saving probabilities, building peptides and proteins.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018        Simplifying protein groups.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018        347 unlikely protein mappings found:
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018            - 199 protein groups supported by non-enzymatic shared peptides.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018            - 18 protein groups explained by peptides shared to less confident mappings.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018            - 230 groups explained by a simpler group.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018            Note: a group can present combinations of these criteria.
Mon Jul 16 13:48:31 IST 2018        Generating peptide map.
Mon Jul 16 13:48:32 IST 2018        Computing peptide probabilities.
Mon Jul 16 13:48:32 IST 2018        Saving peptide probabilities.
Mon Jul 16 13:48:32 IST 2018        Generating protein map.
Mon Jul 16 13:48:32 IST 2018        Resolving protein inference issues, inferring peptide and protein PI status.
Mon Jul 16 13:49:12 IST 2018        2648 conflicts resolved. 1124 protein groups remaining (25 suspicious).
Mon Jul 16 13:49:12 IST 2018        Correcting protein probabilities.
Mon Jul 16 13:49:12 IST 2018        Saving protein probabilities.
Mon Jul 16 13:49:13 IST 2018        Validating identifications at 1% FDR, quality control of matches.
Mon Jul 16 13:49:15 IST 2018        Scoring PTMs in peptides.
Mon Jul 16 13:49:15 IST 2018        Scoring PTMs in proteins.
Mon Jul 16 13:49:17 IST 2018        Identification processing completed (3 minutes 32.0 seconds).